Pro použití private-key vygenerovaného například pomocí ssh-keygen, je třeba provést konverzi do formátu .ppk. Pro tento účel slouží utilita PuTTYgen, kde stačí provést Load stávajícího klíče a jeho Save v novém formátu.
Pokud klíč ještě nemáme, je možné jej vygenerovat tlačítkem Generate, kde je jako generátor náhodných čísel použita myš.
Pro spouštění PuTTY je praktické použít automatické načtení klíče a volbu uživatele z příkazové řádky:
"C:\Program Files\Putty\putty.exe" -i "<cesta_ke_klici>\putty_format.ppk" -l <user>
Někdy se hodí i volba (velké X nebo Y) -Y , zapínající X11 Forwarding. Ostatní volby lze získat na domovských stránkách PuTTY.